من الأفضل أن يكون دعاء الاستخارة بعد السلام وذلك لقوله -صلى الله عليه وسلم- وهو يعلم صلاة الاستخارة ودعاءها لأصحابه : “ثم ليركع ركعتين من غير الفريضة، ثم ليقل : اللهم…” إلى آخر الحديث الذي أخرجه البخاري عن جابر رضي الله عنه.
ولقوله أيضاً في صلاة الحاجة: “فيتوضأ ويحسن الوضوء، ثم ليصل ركعتين، ثم ليثن على الله…” إلى آخر الحديث الذي أخرجه الترمذي وابن ماجه.

والدليل في هذين الحديثين على أن الدعاء يكون بعد السلام قوله –صلى الله عليه وسلم– في الحديثين المتقدمين : “ثم ليقل” و “ثم ليثن على الله” بعد أمره بصلاة ركعتين، ومن المعلوم أن حرف (ثم) يقتضي الترتيب المتراخي بين المتعاطفين، فدل هذا على أن الدعاء بعد السلام.