المدينة كانت تسمى قبل هجرة رسول الله صلى الله عليه وسلم إليها باسم يثرب ، ولكن يكره تسمية المدينة بيثرب، ووجه الكراهة ما قاله الإمام النووي يرحمه الله تعالى:
(إنما كره تسميتها يثرب لأنه من التثريب، وهو التوبيخ والملامة، وكان النبي صلى الله عليه وسلم يحب الاسم الحسن، ويكره الاسم القبيح) ولذا غيَّر النبي صلى الله عليه وسلم اسمها، كما في صحيح مسلم أنه قال: “يقولون يثرب وهي المدينة، تنفي الناس كما ينفي الكير خبث الحديد” وروى مسلم أيضاً عن زيد بن ثابت عن رسول الله صلى الله عليه وسلم قال: “إنها طيبة” -يعني المدينة- وعن جابر بن سمرة رضي الله عنهما قال: قال رسول الله صلى الله عليه وسلم: “إن الله تعالى سمى المدينة طابة” وقد سماها الله تعالى الدار، كما في قوله تعالى: (والذين تبوؤا الدار والإيمان من قبلهم يحبون من هاجر إليهم..) [الحشر:9] وأما قوله تعالى: (وإذ قالت طائفة منهم يا أهل يثرب…) [الأحزاب:13] فهو حكاية قول المنافقين والذين في قلوبهم مرض، كما قرر ذلك النووي و ابن حجر وغيرهما، وعليه، فلا حجة في الآية على إباحة التسمية، بل هي مكروهة كما سبق.
ومما سبق يتبين أن  للمدينة أربعة أسماء: الأول: المدينة، الثاني: الدار أو دار الهجرة، الثالث: طابة، الرابع: طيبة.
ووردت لها تسميات أخرى لا تصح، من ذلك ما رواه عمر بن شيبة في أخبار المدينة من رواية زيد بن أسلم، قال: قال النبي صلى الله عليه وسلم: “إن للمدينة عشرة أسماء هي: المدينة، وطابة، والمطيبة، والمسكينة، والدار، وجابرة، ومجبورة، ومنيرة، ويثرب” وقال السهيلي : (وروي عن بعضهم أنه قال: إن لها في التوراة أحد عشر اسماً: المدينة، وطابة، وطيبة، والمسكينة، والجابرة، والمحبوبة، والقاصمة، والمجبورة، والعذراء، والمرحومة) والأولى الاقتصار على ما صح واشتهرت به التسمية.
ولا حرج في إضافتها إلى النبي صلى الله عليه وسلم فيقال: المدينة النبوية، أو نسبتها إلى النور الذي حصل لها بسبب مقدم النبي صلى الله عليه وسلم، فيقال: المدينة المنورة، وقد روى ابن ماجه وصححه الألباني وغيره عن أنس رضي الله عنه قال: (لما كان اليوم الذي دخل فيه رسول الله صلى الله عليه وسلم أضاء منها -المدينة- كل شيء، فلما كان اليوم الذي مات فيه أظلم منها كل شيء).